Uma maneira muito segura é colocar o interpretador do PHP em algum lugar longe dos arquivos da árvore de diretórios do servidor. Em /usr/local/bin, por exemplo. A única desvantagem real para essa opção é que você terá que colocar uma linha similar à:
#!/usr/local/bin/php
#! para ser
executado.
Para fazer o PHP tratar as informações de PATH_INFO e PATH_TRANSLATED corretamente com essa configuração, o interpretador do PHP deve ser compilado com a opção de configure --enable-discard-path.